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长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度在200-100000 nt之间的RNA分子，它们不参与蛋白质的编码，但是在细胞内起着重要的调控作用。已有的研究表明lncRNA参与X染色体沉默，基因组印记，表观遗传修饰，转录激活等多种生物学过程，已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。lncRNA测序就是采用高通量测序技术结合生物信息分析，一次性获得样本中所有的lncRNA和mRNA信息，对lncRNA的类别、表达和功能进行深入分析的方法。

技术路线:

技术优势:

•lncRNA-seq可利用一份RNA样品，同时获得lncRNA和mRNA的测序数据；

•鉴定已知lncRNA的同时，可以预测新的lncRNA；

•信息量大，可进行mRNA和lncRNA共表达分析。

样本类型：完整无基因组DNA污染的Total RNA

样本浓度：浓度≥ 100 ng/μL

样本纯度：OD260/280介于1.8-2.2，OD260/230 ≥ 2.0

样本需求量：总量≥ 2 μg

样本完整度：28S/18S ≥ 1.0， Agilent 2100 Bioanalyzer检测RIN值≥ 7.0

数据分析内容:

结果展示:

图 已知lncRNA预测靶基因结果示意图 

图 预测的新lncRNA的gtf注释结果示例

EBioMedicine：增强子RNA lnc-SLC4A1-1通过激活CXCL8和NF-kB通路调控不明原因复发性妊娠丢失（URPL）

为了鉴定可能参与URPL的lncRNA，通过RNA-seq分析了转录组，并按照图a所示的流程分析了数据。将URPL与匹配对照进行比较，采用Cuffdiff和DESeq方法在绒毛组织中分别鉴定出476和250个差异表达的lncRNA（DELs）。从Cuffdiff和DEseq结果的交集中选择131个lncRNA作为可信DELs（图b）。采用KEGG通路分析预测URPL相关DELs的富集生物学通路。图c、d显示了前10个上调和下调的通路。大多数通路与免疫功能相关，包括Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路和Jak-STAT信号通路。

图 URPL异常表达的lncRNA

1.lncRNA测序也能捕获mRNA的信息吗？

答：是的，通过rRNA去除的建库方式可以同时捕获lncRNA和mRNA的数据，对于分析ceRNA调控网络有帮助。

2.lncRNA的研究相对更热门吗？

答：与编码蛋白的mRNA相比，lncRNA的研究在不同领域相对更少，其发挥的调控机制方式很多，比较适合基础研究，对于课题申请来讲新颖性会更好。