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动植物全转录组测序技术通过高通量测序，研究包括mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA等RNAs的转录情况，并此基础上对竞争性内源性RNA（ceRNA）网络进行探讨。其中，mRNA提供了关于基因表达的信息，lncRNA、miRNA和circRNA则在基因调控中发挥重要作用。CeRNA网络描述了这些RNA之间的相互作用，它们通过竞争性结合共享miRNA，影响彼此的表达。通过全转录组测序，人们可以通过分析ceRNA网络，深入了解各类RNAs之间的相互作用，以揭示动植物生长发育和响应环境过程中的分子机制。这项技术为生物学研究提供了RNAs研究更加全面的工具，有助于解析四类RNAs参与的复杂生物学网络分子机制。

技术路线：

技术优势：

• 两种建库方式，四种RNA“一网打尽”，更加全面获取样本中的RNA信息；

• 一个样本四种RNA表达结果同时提供，大限度避免单独测序导致的系统误差；

• 精确分析样本间不同类型RNA表达差异，更好反应变化趋势；

• 整合分析四种RNA之间的共表达和调控关系，更好揭示生物学功能变化与调控机制。

生物信息学分析：

1) 原始数据质控

2) 原始数据预处理及整理

3) 参考序列比对分析

4) mRNA 分析

a) mRNA表达量计算；

b) 差异表达分析；

c) 富集分析

d) 可变剪切分析；

e) 新转录本预测；

f) 融合基因分析。

5) lncRNA 分析

a) lncRNA 表达定量

b) lncRNA 差异表达分析

c) 差异 lncRNA 靶基因预测

d) 靶基因富集

6) circRNA 分析

7) miRNA分析 （仅限于有miRNA-seq数据）

a) 基因表达量分析

b) 差异表达miRNA分析

c) 靶基因预测

d) 富集分析

e) SNP分析

8) 联合分析

a) 相互作用/调控关系网络分析；

b) 共表达关系分析

c) lncRNA的cis/trans作用分析

d) lncRNA或circRNA的ceRNA分析

生信分析图：

1、全转录组关联分析怎么分析的？

答：可以是mRNA与miRNA关联分析，也可以是mRNA+miRNA+lncRNA/circRNA全关联分析。老师可以根据课题的研究目的来选择。

2、什么是ceRNA？

答：ceRNA （competing endogenous RNAs）是指竞争性内源RNA机制，ceRNA揭示了RNA间相互作用的新机制，2011年由Pier Paolo Pandolfi等提出。该机制的核心理论是细胞内存在ceRNA，这些ceRNA分子（mRNA，lncRNA、circRNA、假基因等）能够通过miRNA应答元件（MicroRNA Response Element，MRE）竞争结合相同的miRNA以达到调节彼此表达水平。