6163银河线路检测中心(中国)有限公司

目的区域测序是指针对感兴趣的目标区域富集后进行大规模测序。目前，6163银河线路检测中心生物主要提供两种目的区域富集方法：定制液相芯片富集和FastTarget®多重目的区域富集。

液相芯片捕获测序方法利用商业Agilent SureSelect液相芯片富集捕获系统，定制目的区域的相关捕获探针，通过探针与样品片段化DNA的杂交和富集，将捕获之后洗涤获得的目的区域片段进行文库构建及二代测序。进而对所获得测序数据进行生物信息学分析，研究感兴趣的序列及序列差异。该方法非常适合100kb-12Mb区域的多个候选基因外显子或连续区域富集二代测序。

技术路线：

技术优势：

•针对性强：比起全基因组及全外显子组水平的研究，目的区域测序更具有针对性，可以依赖大量的前期研究成果，获得候选染色体区域或者基于生物通路的大量候选基因；

•费用低：目的待测区域较小，可对数百个样品进行快速测序，大大降低了研究成本；

•信息量大：比起目的区域或者候选基因单倍型标签SNP分型的研究策略，目的区域测序可以完整覆盖整个基因区域，不仅可以获得高频SNP的分型数据，而且还可以发现低频的和个体特有的变异；

•效率高：比起使用Sanger法的候选基因测序方法，基于二代测序技术的目的区域测序更加快速、高效；

•高精度：目的区域的高测序深度保证了更准确的测序结果。

样品需求量：Qubit检测，要求浓度≥ 20 ng/μL，总量≥ 1 μg（芯片捕获）

样本纯度：无色透明，OD260/280 = 1.7~2.0；OD260/230≥ 2.0

样品完整度：琼脂糖电泳检测要求主条带清晰，无明显弥撒及拖尾，无RNA污染

样品保存和运输要求：-20°C保存，冰袋运输

数据分析内容：

Translational Psychiatry ：靶向外显子组测序确定了5个具有全基因组意义的新位点，可调节重度抑郁症患者的抗抑郁反应

本研究首先报道了中国汉族MDD人群大样本量抗抑郁治疗反应基因组学结果，主要发现“drug-only”治疗组和“plus-rTMS”治疗组在抗抑郁治疗2周后有效率和8周后缓解率存在显著差异，与单纯药物治疗组相比，加用rTMS治疗组治疗更有效，可更快改善患者临床症状。

SNV负荷主要显著影响“drug-only”治疗组患者抗抑郁剂治疗疗效。确定了五个基因座IL1A，GNA15，PPP2CB，PLA2G4C和GBA的七个SNP（MAF>5％）与MDD患者抗抑郁治疗疗效达到了全基因组显著性相关水平；并且该7个位点在人体组织中都是相关基因的表达数量性状位点。GNA11基因rs8092位点同时与抗抑郁剂治疗疗效和MDD发病风险相关。

图 GNA11−GNA15区域SNP与抗抑郁治疗反应显著相关

1.靶向捕获芯片适用于多大的测序区域？

答：靶向芯片捕获适合100kb-12Mb区域的多个候选基因外显子或连续区域。

2.靶向捕获芯片采用的是商业化的芯片吗？

答：我们靶向捕获芯片也是采用了市场上公认的Agilent SureSelect液相芯片富集捕获系统，定制了目的区域的相关捕获探针。