“昊创新、好技术！”
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5-羟甲基胞嘧啶（5-hydroxymethylcytosine, 5hmC）是甲基化胞嘧啶（5-methylcytosine, 5mC）在TET蛋白酶（ten-eleven translocation, TET）氧化作用下产生的一种表观遗传学修饰。5hmC具有重要的生物学功能，不仅在DNA去甲基化调控过程中起作用，并参与染色体重编程、基因转录与表达等调控过程，且5hmC可能与特定的疾病发生密切相关，或可成为某些疾病早期诊断的分子标志物。因此，发展可靠、准确和灵敏的5hmC检测技术对生物学、转化医学等研究具有重要意义。
全基因组羟甲基化测序方法原理是使用AID/APOBEC家族DNA脱氨酶—APOBEC代替化学脱氨，该酶可特异性地使C及5mC脱氨为U/T，而5hmC经保护不受其脱氨作用而被检测识别。该方法无需亚硫酸氢盐，可在单碱基分辨率条件下进行5hmC的检测定位，起始量低，准确性高，性价比优，是DNA羟甲基化研究的强有力工具。
技术路线：
技术优势：
特异性：可区分甲基化和羟甲基化位点，特异性的检测羟甲基化位点；
低起始量：使用脱氨酶处理基因组DNA，减少基因组DNA损失，所需DNA起始量低；
全面检测：全基因组范围内单碱基水平上对C位点羟甲基化进行检测；
高性价比：仅需一个文库即可进行羟甲基化检测，更加经济、高效。
样本类型：溶解于蒸馏水或TE (pH 8.0)中的基因组DNA
样品需求量：Qubit检测，要求浓度≥50ng/μL，总量≥1μg
样品完整度：琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA完整性，要求电泳条带清晰可见，无明显降解，且无RNA污染
样品运输：DNA低温运输，每个离心管用parafilm膜密封
数据分析内容：
1) 数据质控及序列比对统计 2) 转化效率统计 3) 羟甲基化位点识别及CG、CHG和CHH的分布 4) 羟甲基化水平估算 5) 不同基因结构元件的胞嘧啶羟甲基化程度 6) 羟甲基化区域分析与可视化展示 7) 差异羟甲基化区域分析 8) 差异羟甲基化区域相关基因富集分析及注释 |
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