“昊创新、好技术！”
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目的区域测序是指针对感兴趣的目标区域富集后进行大规模测序。目前，6163银河线路检测中心生物主要提供两种目的区域富集方法：定制液相芯片富集和FastTarget®多重目的区域富集。
FastTarget®技术针对目的区域设计多重PCR扩增体系，对研究者感兴趣的基因组区域进行捕获富集。一个扩增反应体系可以完成16-20个PCR反应，直接获得4kb左右的基因组区域。该技术方法非常成熟，方法快速、操作简单，无需复杂的建库过程。后续，利用二代测序平台对目的区域进行测序，进而对所获得测序数据进行生物信息学分析，研究感兴趣的序列及序列差异。该方法非常适合<200 kb的多个候选基因外显子或连续区域富集二代测序。
技术路线：
技术优势：
•针对性强：比起全基因组及全外显子组水平的研究，目的区域测序更具有针对性，可以依赖大量的前期研究成果，获得候选染色体区域或者基于生物通路的大量候选基因；
•费用低：目的待测区域较小，可对数百个样品进行快速测序，大大降低了研究成本；
•信息量大：比起目的区域或者候选基因单倍型标签SNP分型的研究策略，目的区域测序可以完整覆盖整个基因区域，不仅可以获得高频SNP的分型数据，而且还可以发现低频的和个体特有的变异；
•效率高：比起使用Sanger法的候选基因测序方法，基于二代测序技术的目的区域测序更加快速、高效；
•高精度：目的区域的高测序深度保证了更准确的测序结果。
样品需求量：Qubit检测，要求浓度≥ 20 ng/μL，总量≥ 2 μg（多重PCR）
样本纯度：无色透明，OD260/280 = 1.7~2.0；OD260/230≥ 2.0
样品完整度：琼脂糖电泳检测要求主条带清晰，无明显弥撒及拖尾，无RNA污染
样品保存和运输要求：-20°C保存，冰袋运输
数据分析内容：
基本分析 1）原始数据整理、质量评估 2）序列过滤、统计富集效率 3）比对到目的区域 4）SNV/InDel/CNV检测，注释，统计 高级分析（单基因病） 1）突变位点过滤（数据库过滤，匹配正常样本过滤） 2）依据家系信息进行遗传模式分析 3）候选致病基因功能注释 4）候选致病基因通路富集分析 5）基于家系连锁分析 6）纯合区域策略分析 高级分析（复杂疾病） 1）突变位点过滤（数据库过滤，匹配正常样本过滤） 2）依据家系信息进行遗传模式分析 3）常见变异的关联分析 4）罕见变异的基因负荷检验 5）候选致病基因功能注释 6）候选致病基因通路富集分析 |
Nature Communications ：全外显子组和靶向测序确定ROBO1和ROBO2突变是骨髓增生异常综合征的进展相关驱动因素
骨髓增生异常综合征（MDS）的进展机制尚不清楚。这项研究在6例（6/16，37.5%）伴有疾病进展的MDS成对患者中，使用全外显子组和靶向测序，将ROBO1和ROBO2确定为新的与进展相关的体细胞突变。进一步的深度测序在193名MDS患者队列中检测到20例（10.4%）ROBO突变。此外，在进展或携带ROBO突变的患者中，经常观察到ROBO1和ROBO2的拷贝数丢失和杂合性缺失。
图 ROBO1和ROBO2基因靶向测序
目的区域富集测序高分合作文章：
英文标题 | 中文标题 | 杂志 | 年份 |
Genomic variations of the mevalonate pathway in porokeratosis | 汗孔角化症甲羟戊酸途径的基因组变异 | elife | 2015 |
Familial Hypercholesterolemia Phenotype in Chinese Patients Undergoing Coronary Angiography | 行冠状动脉造影中国患者的家族性高胆固醇血症表型 | Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology | 2016 |
An ERCC4 regulatory variant predicts grade-3 or -4 toxicities in patients with advanced non-small cell lung cancer treated by platinum-based therapy | ERCC4调节变体预测晚期非小细胞肺癌患者接受铂类药物治疗的3级或4级毒性 | International journal of cancer | 2017 |
A novel homozygous FBXO43 mutation associated with male infertility and teratozoospermia in a consanguineous Chinese family | 中国一个近亲家庭中与男性不育和畸形精子症相关的新型纯合子FBXO43突变 | Fertility and Sterility | 2019 |
Intronic (TTTGA)n insertion in SAMD12 also causes familial cortical myoclonic tremor with epilepsy | 内含子(TTTGA)n插入SAMD12也可引起家族性皮层肌阵挛性震颤伴癫痫 | Movement Disorders | 2019 |
Genetic profiles of familial late-onset Alzheimer's disease in China: The Shanghai FLOAD study | 中国家族性晚发型阿尔茨海默病的遗传特征:上海FLOAD研究 | Genes & Diseases | 2021 |
1.FastTarget®目的区域富集测序适用于多大的区域？
答：该方法非常适合< 200kb的多个候选基因外显子或连续区域富集测序。
2.FastTarget®目的区域富集测序主要基于什么技术原理？
答：该方法主要针对目的区域设计多重PCR扩增体系，对研究者感兴趣的基因组区域进行捕获富集。一个扩增反应体系可以完成16-20个PCR反应，直接获得4kb左右的基因组区域。
3.FastTarget®目的区域富集测序主要应用在哪些方面？
答：该技术非常适合全基因组或者全外显子组测序后针对候选目的区域的测序验证，适合肿瘤或者其它复杂疾病的基因组测序验证环节。
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FastTarget®目的区域测序
